ورود پساب‌های شهری و صنعتی از طریق خورها، زیست‌بوم خلیج فارس را به خطر انداخته است. ورود فاضلاب به دریا در شهر بندرعباس سال‌هاست که مورد اعتراض اداره کل حفاظت محیط زیست استان هرمزگان و فعالان و دوست‌داران محیط زیست قرار دارد اما تاکنون این تلاش‌ها و اعتراض‌ها بی‌نتیجه بوده است.
افزون بر این، به گفته سازمان حفاظت محیط زیست ایران، سالانه بیش از پنج میلیون لیتر سوخت توسط قاچاقچیان در خلیج فارس رها و باعث آلودگی گسترده می‌شود.
