وزارت خارجه جمهوری اسلامی ایران در واکنش به اتهام شکنجه و غرق کردن کارگران افغانستانی توسط مرزبانان ایران مدعی شد این اتفاق در خاک افغانستان و نه ایران رخ داده است. به نوشته خبرگزاری حکومتی فارس، عباس موسوی، سخنگوی وزارت خارجه یکشنبه ۱۴ اردیبهشت گفت: «این حادثه در خاک افغانستان رخ داده و مرزبانی جمهوری اسلامی ایران وقوع هر اتفاقی در این ارتباط در خاک کشورمان را رد کرده است». اشاره او به ادعای مرزبانی ناجاست که روز شنبه دستگیری مهاجران افغانستانی که بدون مجوز قصد ورود به ایران را داشتند و همین‌طور ادعای شاهدان مبنی بر ضرب و شتم و به‌آب انداختن آن‌ها را با تهدید گلوله، تکذیب کرده بود. موسوی اضافه کرد: «به جهت اهمیت موضوع و به منظور کسب اطلاع دقیق از چگونگی وقوع این حادثه در خاک افغانستان، مراتب را در همکاری با مقامات این کشور تحت بررسی قرار داده ایم». وزارت خارجه افغانستان با اعلام آغاز تحقیقات خود، روز یکشنبه از مقامات جمهوری اسلامی خواست درباره شکنجه و غرق‌کردن مهاجران افغانستانی در مرز ایران تحقیق کنند. مقامات جمهوری اسلامی اما بدون واکنش به درخواست افغانستان این اتفاق را تکذیب کرده‌اند.