ذبیح‌الله خدائیان، سخنگوی قوه قضائیه جمهوری اسلامی سه‌شنبه ۶ اردیبهشت درباره صدور احکام قضائی سنگین برای امیرحسین مرادی و علی یونسی گفت:
«احکام دو دانشجو دانشگاه صنعتی شریف قطعی نشده و هنوز در مرحله بدوی قرار دارد.»
به‌گفته خدائیان، «این افراد به اتهام افساد فی‌الارض تحت تعقیب قرار گرفتند، اما دادگاه این عنوان را محرز ندانست».
امیرحسین مرادی و علی یونسی بیش از دو سال است که در بازداشت موقت قرار دارند و همچنان بدون امکان برخورداری از حقوق اولیه خود، در بازداشتگاه وزارت اطلاعات در بازداشت موقت به سر می‌برند.
سخنگوی قوه قضائیه افزود:
«اما این افراد به‌واسطه اقداماتی از جمله تخریب، تحریق و خرابکاری در تأسیسات عمومی هر کدام به ۱۰ سال حبس و به اتهام اجتماع و تبانی و اقدام علیه امنیت ملی و همکاری با گروه‌های معاند به ۵ سال حبس و فعالیت تبلیغی علیه نظام به یک سال حبس محکوم شدند که اشد مجازات یعنی ۱۰ سال اجرا خواهد شد البته حکم قطعی نیست.»
خبرگزاری تسنیم، نزدیک به سپاه پاسداران دوشنبه ۵ اردیبهشت از صدور حکم ۱۶ سال زندان برای هر یک از این دو دانشجوی المپیادی خبر داد. بر اساس گزارش تسنیم مصادیق اتهام‌های این دو جوان دانشجو «افساد فی‌الارض»، «اجتماع و تبانی علیه نظام» و «تبلیغ علیه نظام» است.
رضا یونسی، برادر علی یونسی در مورد صدور این حکم به سازمان حقوق بشر ایران گفت:
«علی یونسی و امیرحسین مرادی به این حکم اعتراض خواهند کرد. هیچ مدرکى علیه ایشان نداشتند. حتى قاضی به وزارت اطلاعات اعتراض کرده بود. بچه‌ها به قاضی گفته بودند، فیلم بازجویی‌ها را ببیند ولی اطلاعات قبول نکرده بود که فیلم را به قاضی بدهد.»
دومین جلسه دادگاه رسیدگی به اتهامات این دو دانشجوی زندانی پنجم بهمن‌‌ماه ۱۴۰۰ برگزار شده بود و مصطفی نیلی، وکیل علی یونسی گفت اعتراف‌های اجباری ضبط شده آن‌ها که توسط خبرگزاری فارس، نزدیک به سپاه پاسداران پخش شده بود در شرایط مناسبی انجام نشده است:
«بر اساس صحبتی که با موکلین داشتم، اظهارات آن‌ها در این فیلم‌ها در شرایط مناسبی نبوده و بعد نیز در روند بازپرسی، تمامی این موارد را انکار کردند. موکلین ما، صراحتاً عنوان کرده‌اند که آن حرف‌ها را در شرایط انفرادی مطرح کرده‌اند.»
مصطفی نیلی در جریان دومین سال بازداشت موکلش ادامه بازداشت موقت این دو دانشجو را «صریحاً خلاف قانون» دانسته بود.
علی یونسی، دانشجوی مهندسی کامپیوتر دانشگاه صنعتی شریف و امیرحسین مرادی، دانشجوی فیزیک این دانشگاه روز ۲۲ فروردین ماه ۱۳۹۹ توسط نیروهای امنیتی ایران بازداشت و ۵۹ روز در سلول انفرادی نگهداری شدند. این دو حدود یک سال از حق داشتن وکیل برخوردار نبودند و طبق اعلام خانواده آن‌ها، در طول دوران بازداشت به شدت تحت شکنجه‌های فیزیکی و روانی قرار گرفته‌اند.
کمتر از یک ماه پس از بازداشت این دو دانشجو، غلامحسین اسماعیلی، سخنگوی وقت قوه قضاییه، آن‌ها را به «داشتن ارتباط با سازمان مجاهدین خلق» و «قصد اقدامات خرابکارانه در دوران کرونا» متهم کرد. اتهاماتی که همواره از سوی این دو دانشجوی در بازداشت، رد شده است.
در تمام طول این دو سال علاوه بر نگهداری این دو دانشجو در بازداشت موقت و اعمال شکنجه‌های مختلف روحی و جسمی، خانواده‌های آن‌ها نیز به شدت تحت فشار نهادهای امنیتی و قضایی قرار داشتند.