در پی سخنان علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی درباره اعتراضات سراسری در ایران، عطاالله مهاجرانی، وزیر ارشاد اسلامی دولت محمد خاتمی در توئیتی نوشت: «تحلیل آیت‌الله خامنه‌اى جامع، دقیق، روشنگرانه و به‌هنگام بود.» مهاجرانی همچنین از این‌که خامنه‌ای سالم است اظهار خوشوقتی کرد. علی خامنه‌ای دوشنبه ۱۱ مهر بعد از ۱۲ روز غیبت در انظار عمومی ظاهر شد و برای معترضان در شهرهای سراسر ایران خط و نشان کشید. او گفت: «من به صراحت می‌گویم این اغتشاش‌ها و ناامنی‌ها، طراحی آمریکا و رژیم غاصب و جعلی صهیونیستی بود و حقوق بگیران آن‌ها و برخی از ایرانی‌های خائن در خارج به آن‌ها کمک کردند.» این نخستین بار نیست که عطاالله مهاجرانی از علی خامنه‌ای دفاع می‌کند. اظهارات او در جریان ترور اخیر سلمان رشدی، نویسنده رمان «آیه‌های شیطانی» نیز واکنش‌های منفی‌ای برانگیخت.