در حالی که مرتضی بانک، دبیر شورای عالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی در نامه‌ای به محمدباقر قالیباف خواستار تداوم معافیت مالیات بر ارزش افزوده شد، نمایندگان مجلس یازدهم بر نظر خود برای حذف این معافیت اصرار دارند. کمیسیون تلفیق بودجه در بررسی لایحه بودجه ۱۴۰۰، معافیت مالیاتی مناطق آزاد را فقط در بخش مالیات بر ارزش افزوده حذف کردند. این موضوع با مخالفت دولت روبه‌رو شده است. هم‌اکنون مالیات ۹ درصدی برای فروش کالا و خدمات تنها در سرزمین اصلی اخذ می‌شود و مناطق آزاد از اجرای این قانون مستثنا هستند. مرتضی بانک در نامه خود به قالیباف نوشته بود که لغو این معافیت بر اقتصاد گردشگری تاثیر نامطلوبی دارد. در این نامه قوانین مالیاتی در کشورهای عربی حاشیه خلیج فارس به عنوان الگویی برای مناطق آزاد ایران پیشنهاد شده است. محمد باقر قالیباف به این نامه پاسخی نداده است. مخالفت دولت با حذف مالیات بر ارزش افزوده در حالی صورت می گیرد که پیش‌بینی می‌شود از بودجه حدود ۹۰۰ هزار میلیارد تومانی سال آینده نیمی از آن با کسری روبه‌رو شود. احسان خاندوزی، نایب رئیس کمیسیون اقتصادی مجلس در این باره گفته است که «اگر مناطق آزاد به طور هم‌زمان از مالیات بر درآمد و مالیات بر ارزش‌افزوده معاف باشند، ثمره آن گم‌شدن پیوندهای مبادلاتی در مناطق آزاد خواهد بود و بنابراین احتمال اینکه قاچاق کالا از مبادی این مناطق صورت بگیرد یا فعالان اقتصادی بخشی از فعالیت‌های زیرزمینی و پولشویی را در این مناطق انجام دهند، تقویت می‌شود.» آمار رسمی قاچاق کالا در ایران نشان می‌دهد که سالانه ۱۱,۵ میلیارد دلار قاچاق کالا از مناطق ویژه اقتصادی صورت می‌گیرد.