علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی روز سه‌شنبه ۱۸ مهر/۱۰ اکتبر در مراسم مشترک دانش‌آموختگی دانشجویان دانشگاه‌های افسری ضمن دفاع از عملیات «طوفان الاقصی» حماس دست‌داشتن جمهوری اسلامی در این عملیات را رد کرد و گفت ایران پشت «این حرکت» قرار ندارد. خامنه‌ای گفت: «این‌که ایران را پشت این حرکت معرفی می‌کنند، اشتباه می‌کنند، ما البته از فلسطین و مبارزات دفاع می‌کنیم.» او افزود: «ما پیشانی و بازوی طراحان مدبر و هوشمند و جوانان فلسطینی را می‎بوسیم اما آن‌ها که می‌گویند حماسه اخیر کار غیر فلسطینی‌ها است دچار محاسبه غلط شده‌اند. آنها ملت فلسطین را نشناخته‌اند و دست کم گرفته‌اند.» رهبر جمهوری اسلامی جنگ حماس و اسرائیل را «زلزله ویرانگر» و «شکست غیرقابل ترمیم نظامی و اطلاعاتی» برای اسرائیل خواند و گفت: «طراحان فلسطینی با مهارت کامل مشغول کارند» و «همه دنیای اسلام موظف است از فلسطینی‌ها حمایت کند و حمایت هم خواهد کرد، اما این کار، کار خود فلسطینی‌هاست». علی خامنه‌ای در سخنانش به طور ضمنی به دولت خودگردان فلسطین و گروه‌هایی که اسرائيل را به‌رسمیت شناخته‌اند اشاره کرد و گفت: «گذشت آن روزی که کسانی می‌آمدند بلکه بتوانند با زبان، با نشست و برخاست با ظالم برای خودشان در فلسطین یک موقعیتی ایجاد کنند. آن زمان دیگر گذشت.»