علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی یکشنبه ۲۸ شهریور با استعفای محسن رضایی، فرمانده سابق سپاه پاسداران از مجمع تشخیص مصلحت نظام موافقت کرد. دلیل استعفای محسن رضایی مشخص نیست اما گفته می‌شود او به خاطر انتصاب به معاونت اقتصادی ابراهیم رئيسی عضو هیئت مرگ و رئيس جمهوری استعفا کرده است. خامنه‌ای در نامه تأیید استعفای رضایی نوشت: «ضمن پذیرش استعفای جنابعالی، موفقیتتان در مسئولیت جدید را از خداوند متعال مسألت می‌کنم.» برخی از اعضای مجمع تشخیص مصلحت پیشتر استعفای رضایی به‌ این دلیل را نامحتمل خوانده بودند. غلامرضا مصباحی مقدم ۱۶ شهریور گفته بود: «اول شما اثبات کنید که آقای رضایی با رهاکردن دبیری مجمع می‌خواهد مسئولیت معاونت اقتصادی رئیس‌جمهور را بپذیرد یا نه، بعد سراغ گزینه بعدی بروید.احتمال می‌دهم ایشان با ادامه خدمت در جایگاه دبیری مجمع، کار خود را در دولت و مسئولیت ارائه مشاوره به رئیس‌جمهور را بر عهده داشته باشد و ناسازگاری میان این دو مسئولیت وجود ندارد». محمد مجتهد شبستری اما در مصاحبه‌ای با «برنا» ادامه حضور محسن رضایی در مجمع تشخیص مصلحت را به نظر و موافقت علی خامنه‌ای منوط دانسته و گفته بود: «فعلا که رضایی در جلسات شرکت می کند و در جلسات اخیر مجمع تشخیص و در کمیسیون اقتصاد حضور فعال داشته است، بعد از این هم معلوم نیست که آیا این حضور دوام داشته باشد و یا شخص دیگری به عنوان دبیر مجمع تشخیص نظام منصوب شود تاکنون که تغییر نکرده و ایشان کما فی سابق حضور دارند و بعد از آن هم، مربوط به این است که مقام معظم رهبری ببینند که او نسبت به مسئولیت های دیگری که در دولت پذیرفته چه میزان زمان دارد و در واقع این موضوع به توافق رهبری با دبیر مجمع بستگی دارد».